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段木熟料栽培灵芝生产工序多，菌棒污染原因多，每一个生产环节不注意都有可能造成芝棒污染。坚决杜绝不严格执行操作规程，完全凭经验、想当然地进行段木灵芝生产的做法。一般而言，在品种优良，菌种生长良好，段木基质适宜，灭菌彻底，接种操作规范，培养条件适合，菌木达到生理成熟，芝棒下地及田间管理到位的条件下，就能够生产出优质的灵芝产品。所选用菌材树龄以5-20年为宜，于农历9月落叶后至翌年2月抽枝前砍伐，削平树钉截成15厘米长，装入26厘米x50厘米X0.05毫米的灵芝专用栽培袋中，注意不要让木质纤维扎穿袋子，以免造成后期污染。
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酸、碱降解法．酸、碱降解法利用无机或有机酸、碱等破坏灵芝孢子细胞壁中几丁质、纤维素等成分的结构，使其有效成分易于溶出．使用无机酸或有机酸溶液热处理灵芝孢子提取灵芝多糖，后多糖中分子量在2000~4900Da的部分均在60%以上.物理法物理法的工作原理各异，优缺点也不相同，总体来说，物理法的能量消耗较大，且设备较为复杂、投资较大．低温冷冻法．低温冷冻法利用灵芝孢子中的水分在低温条件下结晶、结晶长大等作用破坏灵芝孢子细胞壁．例如，金刚阴在实验中将灵芝抱子在-20T反复冻融，其破壁率高达99.5%．超声波法．
后期管理控制温度在22—28 空气相对湿度在90%—95%，每天浇水一次，做到湿而不见水，忌长时期积水，同时做好通风管理，灵芝原基生长迅速，日生长速度可达0.5-1cm，边缘向外扩展，形成菌盖，菌盖边缘乳白色，菌盖一圈圈向外扩散生长。采收经过20d左右，灵芝菌盖边缘乳白色-乳黄色圈消失，菌盖开始革质化，呈棕色，表明菌盖已停止生长，但还可进行加厚生长。菌盖下面子实层内弹射出棕红色担孢子时，表明子实体已成熟，即可采收。采收时用锋利的小刀或果技剪在菌柄0.5-1cm处割取。采收后的子实体应及时晒干或烘干，然后装袋入库储藏。
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